Bueno, lo cierto es q existen en la actualidad gran variedad de Framework, lo importante antes de escoger cual debe conducir el diseño de mi aplicacion es consultar las ventajas y desventajas que tiene cada uno. Aunque parecerian similares (En cuanto a la persistencia de BD se refiere) cada uno tiene fuertes y debilidades de acuerdo al modelo de negoco el motor de base de datos, el performace de la BD, el problema que el sistema resulve, etc....
De mi parte he trabajado con Ibatis y simplemente lo recomiendo porquesu Simplicidad (Fácil de usar, si sabemos SQL), Curva de aprendizaje baja (muy intuitivo al empezar a usar), se tiene control completo sobre los SQL, Rendimiento: cache fácilmente configurable (LRU, FIFO,
Memory, OSCache), Flexibilidad (statements dinámicos), Permite mapeo directo a XML. Hibernate tiene tambien muchas de estas ventajas, sin embargo las transacciones SQL son transparentes al usuario, la gran diferencia es que Ibatis no es un ORM, lo cual significa en terminos mas claros que el programador tiene que programar el SQL.
Espero haber ayudado.... Bye.