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A mi parecer lo haces muy bien pero con muchas lineas de código,  yo lo que haría viendo tu estructura y tu propuesta lo haría asi  
 Código PHP:
    <html>
 
<head>
<!-- JavaScript -->
<script type="text/javascript" src="js/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript">
var aDiv = "content";
</script>
</head>
 
<body>
 
<div id="mainWrapper">
 
    <div id="menu">
    <ul>
        <li><a href="#" onclick="new Ajax.Updater(aDiv,'home.html',{method:'get'}); return false;">inicio</a></li>
        <li><a href="#" onclick="new Ajax.Updater(aDiv,'contact.html',{method:'get'}); return false;">contacto</a></li>
    </ul>
    </div><!-- end #menu -->
    
    <div id="content">
    </div><!-- end #content -->
    
</div><!-- end #mainWrapper -->
 
</body>
</html> 
   
  connection closed.