1. Editar o crear un fichero .htaccess en el directorio raiz
2. Ingresar este código :
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^subdomain.domain.com$
RewriteRule .*
http://domain.com/folder/ [r]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^subdomain2.domain.com$
RewriteRule .*
http://domain.com/folder2/ [r]
donde: subdomain.domain.com es el nombre de tu subdominio (recuerda dejar los ^, *, $ %, y / en sus sitios porque sino no va a funcionar) y domain.com/folder sera tu url de la carpeta destino!
espero te funcione, estamos a la orden y avisa si funciona