Cita:
Iniciado por neodani 
Se lo basico y más de mysql, css y xhtml.
Lo básico de javascript y php
creo que deberias aprender mas de PHP que lo basico aunque alomejor con eso te bastara en un principio si quieres un sitio seguro, debes por obligacion aprender mas.
saber por donde puede ser inseguro tu codigo y que formas de actividad maliciosa te puede afectar son fundamentales para poder asegurar el codigo.
en lo personal estos ultimos meses he empezado a desarrollar aplicaciones con Zend Framework y quizas en un principio hay que aprender un poco mas ya que esta ortientado a objetos, tiene la ventaja que obliga al desarrollador a ser un poco mas ordenado (por lo menos a mi), y a hacer uso de clases y metodos especialmente diseñadas para funcionar de manera segura.
de todas maneras todo se aprende probando, creo que es buena idea acceder desde el index a todos tus modulos, pero cuida tambien los parametros que se puedan pasar a estos.
otra recomendacion relacionada a tu estructura de archivos puede ser
root/
www/
css/
js/
includes/
modulos/
eso saludos.