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Iniciado por rumo 
creo que deberias aprender mas de PHP que lo basico aunque alomejor con eso te bastara en un principio si quieres un sitio seguro, debes por obligacion aprender mas.
saber por donde puede ser inseguro tu codigo y que formas de actividad maliciosa te puede afectar son fundamentales para poder asegurar el codigo.
en lo personal estos ultimos meses he empezado a desarrollar aplicaciones con Zend Framework y quizas en un principio hay que aprender un poco mas ya que esta ortientado a objetos, tiene la ventaja que obliga al desarrollador a ser un poco mas ordenado (por lo menos a mi), y a hacer uso de clases y metodos especialmente diseñadas para funcionar de manera segura.
de todas maneras todo se aprende probando, creo que es buena idea acceder desde el index a todos tus modulos, pero cuida tambien los parametros que se puedan pasar a estos.
otra recomendacion relacionada a tu estructura de archivos puede ser
root/
www/
css/
js/
includes/
modulos/
eso saludos.
De serie me viene esta estructura de carpetas
acceder a los logs
etc
mail
public_ftp
public_html
tmp
www
Entonces esa estructura la creo en este mismo sitio o dentro de www, ya que ahi adentro hay una carpeta de cgi-bin
Que cosas hace de un sitio inseguro?
Es decir si yo empiezo a crear una estructura como vengo diciendo.
cabecera.php
cuerpo.php
piedepagina.php
Lo unico que cambio es cuerpo.php, teoricamente cada sección en un cuerpo.php distinto no?
Y dentro del cuerpo.php hago todas las conexiones a la base de datos, etc...
Me aconsejáis otra manera mejor de hacerlo?
PD: Sobre el diseño de css de como iran las cosas y las posiciones de las cosas también las tengo claras y escritas.
Quiero saber como crear una estructura de secciones web válidas y seguras!
Merciiii