mi consejo...
vale, veo que tienes pensado que secciones quieres en la web y tal, y las tienes en folios redactadas...
no empieces con... Primera seccion, y hasta que no quede como yo quiero no paso a la siguiente, por que te bloquearás...
Primero haz una version de la pagina web que tienes pensada muy simplificada, y luego ves mejorandola poco a poco hasta conseguir la meta
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Con respecto a las carpetas...
todas las carpetas tienen que estar dentro del html_public, y poner un .htacces como te ha dicho _ssx
Algunos servidores rechazan los .htacces, asegurate de que el tuyo no lo hace.
y lo más sencillo para que la gente no navegue a traves de tus carpetas es poner un index.html completamente vacio en cada directorio.
Así, si se meten en ...
www.lokesea.com/modulos les saldrá una página en blanco
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Más cosas, con respecto a las carpetas
yo en la carpeta includes meto los js...
y yo tengo una carpeta llamada
tema donde está el estilo, las css y todo lo correspondiente a colores, imagenes, y demas de la pagina...
la carpeta modulos esta genial, y la de imagenes tambien..
así es como lo tengo yo... no te digo que sea lo mejor del mundo