Hola!
Seguramente vos vas a tener un archivo .php por cada cuerpo, por lo que en realidad lo que vas a hacer es incluir la cabecera y pie dentro de ese php. Ademas en cada cuerpo vas a poder indicarle el titulo antes de hacer el include de la cabecera. Por otro lado, siempre es recomendable en todos los cuerpos, poner un archivo de configuracion que es el 1ro de todos que incluis. Este archivo puede tener la conexion a la base, seteo de constantes, manejo de sesiones, etc.
Ejemplo:
Código PHP:
include("includes/conf.php");
$titulo = "Titulo esta Pagina";
//cabecera contiene la variable $titulo entre las etiquetas <title></title>
include("cabecera.php");
bla bla bla
bla bla bla
... ... ....
bla bla bla
include("piedepagina.php");
Saludos!