pues el cambio de php4 a php5 no afecta la conexion a ms-sql lo que si podria afectarte es la configuracion y la ubicacion en las librerias.
en php.ini para php4 las extensiones estan en c:\php\extensions (default) y en php5 estan en c:\php\ext esto podria ser parte del problema, el otro es que nose si migraste de php4 a php5 y estas utilizando el mismo php.ini de php4??
Tambien nose si ya quitaste el comentario de la linea php_mssql.dll en php.ini
En fin hay varias cosas que podrian afecatr, danos mas informacion
