para meter codigo mete dentro de las etiquetas php, sobre el tema, solamente tienes que redireccionar la salida del dump a un archivo:
Código PHP:
$executa = "C:\wamp\mysql\bin\mysqldump.exe -u ".$usuario_mysql." --password=".$password_mysql." --opt ".$nombre_bd_mysql." > c:\restore\".$nombre_bd_mysql.date("Ymd").".sql";
con Ymd se añade la fecha de hoy para que tengas respaldos diferentes si lo ejecutas cada dia por ejemplo.
Si no lo quieres descargar no necesitas los headers.