En esencia, si vas a programar en PHP, .NET o lo que fuese, significa que deberás manipular el código para crear diferentes objetos de conexiones para cada una de las bases que quieres abrir, y crear una gran parte de las consultas en la misma aplicación, mediante la combinación de los resultados obtenidos en cada base.
Por otro lado, si el motor es uno solo (MySQL), simplemente debe indicarse la lectura de las tablas ubicando la dirección correcta, según el estándar:
Código:
SELECT * FROM NOMBREBASE.NOMBRETABLA;
Programar así es un poco hartante, por lo que debes usar ALIAS para evitar confusiones y errores de codificación.