los id's se pueden repetir??, porque de no hacerlo no veo el porque hacer dos consultas, ademas al utilizar el "=" no creo que que devuelva un arreglo(aclaro, si no se repiten los id's), a lo mejor lo que necesitas es el between, ejemplo:
Código:
SELECT COUNT(*) FROM registo
WHERE YEAR(fecha) = YEAR(DATE_ADD(NOW(), INTERVAL 0 YEAR))
AND MONTH(fecha) = MONTH(DATE_ADD(NOW(), INTERVAL 0 MONTH))
AND idfiltro='1'
AND iddato BETWEEN '1' AND '3'";
saludos.