Cita: Para no llevarse sorpresas, conviene aclarar que llamar a System.gc no garantiza que la JVM liberará toda la memoria que se pudiera liberar.
O sea que si la JVM ve que algo que está desreferenciado y que podría liberarlo puede que no lo liberase, es lo que estás diciendo. Todo algoritmo de garbage collection si ve que un objeto está desreferenciado lo que hace es llamar al método finalize del mismo.
http://www.javaworld.com/javaworld/jw-08-1996/jw-08-gc.html?page=1