Pues no sé si te he entendido bien, pero puedes escribir tranquilamente el número de la variable en el código, algo tipo
Código:
(document.forms['selec_campos'].campo<?=$i?>.checked ? 1 : 0)
Al navegador le llegará directamente impreso el valor de $i y el código php no interfiere con el js ya que éste no le llega al navegador que es donde se ejecuta el js
Si no era eso me avisas