Que Internet Explorer bloquee las cookies es tema del propio navegador.
Pero no entinedo esto:
Cita: en internet explorer 6 me bloquea las cookies del tipo "http://midominio.com/web/?id=xxxx".
¿A qué tipo de cookies te refieres? Si es que no lelga el valor de id es que estás haciendo algo mal.
Por otro lado, siempre es recomendable tener un sistema que no depende de las cookies, en la medida de lo posible.