¿Quien busca el fichero para subirlo? Si no usas un applet, el usuario ha de buscar el fichero para enviarlo desde el navegador con un campo file de un formulario html. Si usas un applet, el programa mismo escoge el fichero a subir y lo envia imitando lo que hace el navegador, pero sin que el usuario tenga que buscar el fichero.
El fichero lo pones... donde te vaya bien
. Lo habitual es ponerlo en algun directorio temporal para que no moleste y luego moverlo a su sistio definitivo: BDD, directorio final. El donde acaba es cosa de tu programa, algun sitio tendras que tener pensado donde ponerlos.
S!