El problema son los timeout... yo he encontrado 3 timeout que interfieren al momento de hacer consultas en bases de datos en paginas ASPX
 
1. timeout de la pagina
2. timeout de la conexion
3. timeout del adaptador 
1: El timeout de la pagina se soluciona con la siguiente linea: 
Server.ScriptTimeout = 3600; // 3600 = 1 hora 
Este timeout solo afecta el procedimiento donde se encuentre, osea que usenlo sin problemas 
2: el timeout de la conexion se maneja en el "connectionString" y debe incluir el valor "Connect Timeout=3600;". 
3: el timeout del adaptador se solucion asi: 
SqlDataAdapter myAdapter = new SqlDataAdapter();
myAdapter.SelectCommand.CommandTimeout = 3600; 
-------- 
con esto deberias poder hacer consulta hasta de 1 hora 
 
ahora yo necesito una ayudita adicional: 
parece que al utilizar ASP.NET AJAX existe un timeout adicional, porque luego de 1 minuto me lanza un timeout 
¿alguien sabe como controlar el tiempo de respuesta cuando se utiliza ajax? 
muchas gracias