Plan B.
Intenta lo que te dice BrujoNic, en caso de que despues de instalar windows, Ubuntu no te deje particionar (a veces me pasa), entonces creas las particiones con Gparted Live, un CD booteable basado en Gentoo (si no me equiboco) que te ayudara a crear las particiones con el programa Gparted, recuerda que la particion de windows siempre debe de ser la primera en el disco (si no luego windows puede darte problemas al iniciarse).
Una vez con las particiones creadas a la hora de la instalacion de Ubuntu, no es necesario formatearlas, solo las seleccionas, les das click a "Edit" y les seleccionas su respectivo punto de montaje, que si de cualquiera de las formas que te hemos dicho no te funciona, entonces puedes pensar en errores del disco
