En ese mismo manual, habla de un programa (creo que se llama profirma), y que sirve para firmar la factura (creo que hay un ejemplo de como funciona el programa).
Para emitir facturas de este tipo, tan solo se necesita el fichero con la factura (Word, PDF, etc.), el programa de certificación (profirma, o cualquier otro), y la firma electrónica que se puede solicitar en la web de la fábrica nacional de moneda y timbre:
http://www.cert.fnmt.es/
Yo trabajo en un grupo de empresas industriales, y ningún proveedor nuestro nos remite facturas electrónicas de esa forma. Los pocos que nos remiten facturas por correo-e, simplemente adjuntan la factura en pdf sin más.
Supongo que no ha habido demasiada información desde los medios, y por eso la factura-e es una gran desconocida.
Salu2