Primero necesitas el flash con wmode en transparente y los elementos recortados. Luego necesitas capas css, entre los head:
<style>
#elflash{
position:absolute;
z-index:2;
top:0px;
left:50%;
}
</style>
Esto te pondría el flash arriba del todo en mitad de la pantalla (en la horizontal 0 pixels de distancia arriba y al 50% de la horizontal, la posición absoluta y el z-index, es en que capa está).
Las etiquetas object y embed para insertar el flash los metes entre estas etiquetas:
<div id="elflash">
Aquí el flash
</div>
El div lo pones en cualquier lado del html dentro del body. A ojo debería funcionar.
Un saludo