No es necesario que este en un solo archivo modelo.php, puede estar en varios archivos, y de hecho es recomendado que te acostumbres a que cada clase tenga su archivo.
A lo que se refiere venkman, es a que el modelo es una capa superior, y que las clases van y consultan, como el siguiente esquema:
Código:
BDD MODELO CONTROLADOR / CLASES
medio persistente => capa intermedia de => capa de procesamiento
persistencia de datos
Espero viendo ese diagrama te quede un poco mas claro.
Saludos.