Si ves el manual de la
funcion system, claramente indica esto:
Cita: Note: If you start a program using this function and want to leave it running in the background, you have to make sure that the output of that program is redirected to a file or some other output stream or else PHP will hang until the execution of the program ends.
Eso quiere decir que si tu programa genera salida, PHP va a esperar hasta que la salida este completa.
Para mostrar la barra de progreso, una vez que iniciaste el comando con system() debes de usar una llamada Asyncrona desde tu HTML para ver el estado del log, esto lo puedes hacer con AJAX.
Saludos.