Bueno, me respondo a mí mismo. Creo que nadie ha respondido porque la pregunta era demasiado fácil.
Ciertamente es sencillo hacerlo desde una página jsp, ya que el objeto 'application' que está implícito tiene un método 'getRealPath("")' que devuelve el directorio relativo a donde se ejecuta el servlet.
Código:
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application.getRealPath("");
%>