Intenta así:
Código PHP:
<?php
# Ejecución de la consulta: mysql_query()
$sql2 = mysql_query("SELECT usuario, permiso FROM usuario_permiso WHERE usuario='$user'");
# Este array guardará todos los permisos que tiene el usuario
$a=array();
# Extracción de datos de la consulta: mysql_fetch_assoc()
while($row = mysql_fetch_assoc($sql2)){
$a[] = $row['permiso'];
}
# Consulta para los permisos: mysql_query()
$sql=mysql_query("SELECT permiso FROM permiso");
//$result=(mysql_num_rows($sql2));
while($row=mysql_fetch_assoc($sql)) {
echo "$row[permiso] <input type=\"checkbox\" name=\"$row[permiso]\" value=\"$row[permiso]\"";
# Por medio de la función in_array(), vemos si el usuario cuenta con este permiso
if(in_array($row['permiso'], $a)) echo " checked";
echo "><br>";
}
?>
http://www.php.net/in_array
Un saludo,