cierto, tenias razon, corregi eso y el NullPointerException se ha quitado pero ahora me han salido estos:
Exception in thread "main" java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException: 2
at Polinomio.Asignar(Polinomio.java:64)
at Principal.main(Principal.java:23)
que no se que significa, imagino que tendra que ver con algo del array
