Definitivamente necesitas utilizar un software para control de versiones, incluso cuando se trabaja con un solo desarrollador.
Revisa
http://www.sourcegear.com/vault/index.html y el blog de Eric Sink
http://www.ericsink.com/, especialmente la serie de Source Control
http://www.ericsink.com/scm/source_control.html.
Si no estas listo para pagar la licensia para 2 desarrolladores, intenta usar subversion
http://subversion.tigris.org/ y revisa el libro
http://svnbook.red-bean.com/.
Disculpa que toda la información esté en inglés, pero no se en donde encontrar los equivalentes en español.