Hola!! yo acabo de tener el mismo problema y ya lo solucione (con una visita al Burger King XD) pues mira lo que pasa es que cuando creas un directoria con php, por razones de seguridad te pone 755 pero es perfectamente accesible y eliminable por ftp, ahora estoy seguro que no puedes eliminar los archivos dentro, o me ekivoco? pues es por qeu tmb seguramente ocupas php para subirlos. pues lo mismo tu servidor le pone permisos a user wwwrun osea el php XD asik para eliminar los que ya tienes deberas cambiar los permisos de tu archivo:
Código PHP:
chmod ('$nombre_archivo',0777);
ahora como hacer para que no te apse esto? pues simple despues de la instruccion que copia el archivo temporal a su destino agrega:
Código PHP:
chmod ('$archivo_ya_copiado',0777);
y el archivo que se creo tendra permisos identicos a como si estuviera limitado pero podras eliminarlo desde donde tu kieras XD.
espero que te sirva!! se feliz!!