Con lo del classpath me refería a que en la ventana de comandos donde ejecutas eso y funciona, hagas:
y mires qué valor tiene CLASSPATH y lo añadas al comando que ejecutas desde php con la opción java -cp aquí_el_classpath -jar tujar.jar
Explica un poco mejor qué quieres decir con que pensabas "llamar a la URL con el jar".