Antes de hacer el implode, en tu foreach, compara:
Código PHP:
$aleatorios = $_POST['random'];
$puntaje = 0;
foreach( $aleatorios as $num => $valor ) {
if( $valor == $preguntas[$num] ) {
$puntaje++;
}
}
Aunque para esto deberas de tener un arreglo $preguntas donde venga la respuesta correcta a cada pregunta.
Saludos.