Hola, mira, lo primero que tienes que hacer para protegerlas es esto, "Ponle un password" a esa base de datos, despues si tienes una panel de control que te da el Proveedor de host, pues checa que el directorio de las DB's tenga el atributo de no listado en el directorio, por default, debe de ser asi, pero tu puedes poner los atributos que quieras, ahora, si no tienes algun panel de control, pues manda un e-mail a tus proveedores de host, pidiendo esto, yo creo que no hay ningun problema en que lo pongan, y si no, no seas paranoico, cambia la ruta de las bases de datos, y no le pongas un nombre de directorio comun, creeme, que no creo que sea tan facil accesar a carpetas que no esten identificadas con un link...
saludos y suerte
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