http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/delete.html
Ahi ves como va el tema de borrar de varias tablas. Básicamente, es DELETE (tablas_a_borrar) from (tablas_para_hacer_la_consulta) where...
de esta forma, pondrías después del delete las tablas que quieres borrar, y después del from la sentencia de unión de tablas (con joins si quieres), más o menos como un select. El tema es que sólo se borrarán los datos de las tablas que estén después del DELETE (puedes usar más tablas para construir la consulta).
Por cierto, hay un hilo parecido a éste en la sección de MySql