El erro no tiene nada que ver con la extención, igual puedes ponerle al archivo
query.la.extension.no.tiene.nada.que.ver, y va a funcionar, ya que el contenido no es otra cosa que simple texto plano.
Cita: [Microsoft][ODBC SQL Server Driver][SQL Server]Línea 3: sintaxis incorrecta cerca de 'GO'.
¿no has tratado quitándole los GO?