me imagino que la ruta del archivo esta bien, y entra a la sentencia if
lo que yo harìa ejecutar en rename con el system o exec u otra sentencia que lo realice por comandos ejemplo:
Código PHP:
if (file_exists("comunas.csv"))
{
system("mv comunas.csv perico.csv");
header ("Location: ../index.php");
}
else
{
echo "El archivo no existe";
}