Estrucuturar la web con CSS

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Creo que no hay nada correcto o incorrecto. La programación de un sitio puedes hacerla como se te antoje a vos. El factor que influya en la decision final de utilizar una cosa u otra viene más para el lado de a quien o a que o para que? destinarás el contenido de tu sitio.

Para mi las tablas son muy útiles si las sabes interpretar pero es imposible realizar un sitio sin CSS (con archivo externo). Piensa en que en algun momento puedes tener mas de 1000 páginas y si no utilizas css te será bastante engorroso actualizar las mismas de una sola vez. El uso de tablas es más compatible entre navegadores (sobre todo los mas viejos), aunque al día de hoy debemos preocuparnos solamente a programar para firefox y IE

Todo esto son opiniones personales, en fin has lo que te parezca mejor a vos!!!

Saludos