Mmmm este tema es muy similar a este:
http://www.forosdelweb.com/f18/crear...de-php-558444/, pero trata de usar en lugar de exec y shell_exec el comando de system para pasarlo.
Ahora también verifica si tu script tiene permisos de ejecución para que lo puedas llamar (chmod +x ejem.sh).
Saludos.
PD Voy a unir los temas ya que es prácticamente lo mismo y la solución les funcionara a los dos.