Hola!
 
Haciendo búsquedas en este foro he encontrado una buena solución para cerrar una ventana emergente desde la ventana padre, el código sería: 
Código:
 <script language="javascript"> 
var popi 
function abrirVentana()
	{
		popi = window.open('ed_rapida.php?idmuestreo=<?php //echo $idmuestreo; ?>','edicion_rapida','width=250,height=895') 
	} 
function cerrarVentana()
	{
		popi.close() 
	}
</script>
   y en el cuerpo abro o cierro la popup por ejemplo así: 
Código:
 <a href="#" onclick="abrirVentana()">ABRIR</a> <a href="javascript:cerrarVentana()">CERRAR</a><br />
  
En principio funciona, pero hago uso de un script en la popup que no permite ser cerrada, y no encuentro manera de solucionarlo. La ventana emergente contiene un formulario que cuando se procesa debe actualizar a la ventana padre y a si misma. 
El primero de los scripts es el que me da problemas ya que si lo elimino si puedo cerrar la popup desde la padre: 
Código:
 <script languaje="javascript">
function recarga_padre(){
window.opener.location.reload();
}
</script>
<script language="javascript">
var principal = window.opener
function compruebaOpener()
	{
		if(!principal)
			{
			alert("La ventana padre está cerrada. La petición no será procesada.\n\nVuelve a abrir ambas ventanas para continuar...")
			window.close()
			}
	}
function compruebaCasilla(nombreCaja)
	{
		if (document.getElementById(nombreCaja))
		{
			var principal = window.opener
			if(!principal)
			{
			alert("La ventana padre está cerrada. La petición no será procesada.\n\nVuelve a abrir ambas ventanas para continuar...")
			window.close()
			}
		}
	}
</script>
</head>
<body onload="compruebaOpener();recarga_padre();moveTo(980,0)">
  GRACIAS!!