Solo nombralos como un arreglo:
Código PHP:
<?php
$directorio = '/archivos_upload/';
if (move_uploaded_file($_FILES['archivo_usuario']['tmp_name'][0], $directorio . $_FILES['archivo_usuario']['name'][0]) && move_uploaded_file($_FILES['archivo_usuario']['tmp_name'][1], $directorio . $_FILES['archivo_usuario']['name'][1]))
{
print "El archivo fue subido con éxito.";
}
else
{
print "Error al intentar subir el archivo.";
}
echo "<html>
<form enctype='multipart/form-data' action='".$_SERVER['PHP_SELF']."' method='post'>
<input type='hidden' name='MAX_FILE_SIZE' value='30000'>
Seleccionar archivo 1: <input name='archivo_usuario[]' type='file'><br>
Seleccionar archivo 2: <input name='archivo_usuario[]' type='file'><br>
<input type='submit' value='Subir archivo'>
</html>";
?>
Saludos.