si, en el else puedes poner una alerta pero no de esa forma, te sugiero que lo retornes a la pagina del formulario, y el mensaje de error lo pones allí haz algo como esto:
Código PHP:
<?php
$bd=mysql_connect("localhost","root","1234") or die ("No conecta");
mysql_select_db("sis_notas");
$opt=$_POST["opt"];
if ($opt==1)
{
$codigo=$_POST["codigo"];
$pass=$_POST["pass"];
$sql=mysql_query("SELECT cod_alum FROM alumnos WHERE cod_alum='$codigo'");
if(mysql_num_rows($sql)!=0)
{
header("location:estudiantes2.php");
}
else
{
$_POST=array();
header("location:$_SERVER['PHP_SELF']?msg=1");
}
}
else
{
?>
<html>
<head>
<title>Control de Notas On-Line</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<script language="javascript">
function verifica()
{
if (login.pass.value=="")
{
alert ("Ingrese una contraseña");
return;
};
login.opt.value=1;
login.submit();
}
function limpia()
{
login.codigo=""
login.pass=""
}
</script>
<body>
<form name="login" method="POST" action='<?=$_SERVER[PHP_SELF]?>'>
<input type="hidden" name="opt">
<div align="center">
<table width="280" border="0">
<tr>
<td colspan="2"><div align="center"></div></td>
</tr>
<tr>
<td colspan="2"><div align="center"><? if($_GET[msg]==1){ print "Datos Erroneos"; }?></div>
<div align="center">Control de Notas</div></td>
</tr>
<tr>
<td width="126"><div align="center">ID:</div></td>
<td width="144"><div align="center">
<input type="text" name="codigo">
</div></td>
</tr>
<tr>
<td><div align="center">Contraseña:</div></td>
<td><div align="center">
<input type="password" name="pass">
</div></td>
</tr>
<tr>
<td><div align="center">
<input type="submit" name="Aceptar" value="Aceptar" onClick="verifica()">
</div></td>
<td><div align="center">
<input type="submit" name="limpiar" value="Limpiar">
</div></td>
</tr>
</table>
</div>
</form>
</body>
</html>
<? }?>
si te fijas puse un IF en el form