Tu problema es que siempre asignas $pos al inicio de tu ciclo, pruebalo así:
Código PHP:
$pos = $inicio;
while($resultados = mysql_fetch_assoc($inmoQuery)){
$pos += $incremento;
$pdf->SetFont('Arial','BI',10);
$pdf->Ln(3);
$pdf->Cell(40,30,'REFERENCIA: '.$resultados["referencia"]);
$pdf->Ln(5);
$pdf->Cell(40,30,'MARCA: '.$resultados["marca"]);
$pdf->Ln(5);
$pdf->Cell(40,30,'MODELO: '.$resultados["modelo"]);
$pdf->Ln(5);
$pdf->Cell(40,30,'Posicion: '.$pos);
}
Saludos.