Puedes usar un include, o usar file_get_contents para pasar la plantilla, por ejemplo:
Código PHP:
$plantilla = file_get_contents( "plantillamail.html" );
$mail->isHTML = true;
$mail->body = $plantilla;
Para hacer los "saltos" de linea solo pon las etiquetas <br /> donde vaya el salto.
Saludos.