Deberías de replantear tu algoritmo, es mejor si primero lees tu archivo imagenes.txt, lo conviertes a un array, y luego compruebas si existen las imágenes, así tendrás mas control, prueba algo así:
Código PHP:
$imagenes = explode( "~", "imagenes.txt" );
foreach( $imagenes as $imagen ) {
if( file_exists( $imagen ) ) {
unlink( $imagen );
}
}
Saludos.