La idea es buena y .. ya hay mas de un sistema como el que propones implementado. Donde? .. donde siempre en hotscrips.com ...
Ahora, si quieres hacerlo tu .. mejor q aprendas PHP y Mysql .. ahi te pones hacerlo tu mismo y vas preguntando las dudas q te salgan por el camino. (sino, nunnnca saldras del cut-and-paste).
Si quieres ir viendo como funcionana esos sistemas de afiliados:
<a href='ir.asp?http://www.hotscripts.com/PHP/Scripts_and_Programs/Affiliate_Programs/' target='_blank'>http://www.hotscripts.com/PHP/Scripts_an...</a>
Un saludo,