Te esta diciendo que el tipo de parámetro que envias a la funcion mysql_query esta incorrecto, si ya hiciste el query no es necesario enviarlo correctamente, deja tu script así:
Código PHP:
<?php
mysql_connect('localhost','userr','9999')or die ('Ha fallado la conexión: '.mysql_error());
mysql_select_db('registro')or die ('Error al seleccionar la Base de Datos: '.mysql_error());
$qry = "SELECT tipo, contenido FROM archivos WHERE id=$id";
$res = mysql_query($qry) or die( mysql_error() );
$row = mysql_fetch_row( $res );
$tipo = $row["tipo"];
$contenido = $row["contenido"];
header("Content-type: $tipo"); //line 14
print $contenido;
?>
Saludos.