Es que así funcionan los sistemas de afiliados. Si sólo fuera un registro único, no quedaría constancia de con qué frecuencia ni de donde se realizaron las referencias, no se podría hacer estadísticas de ningún tipo, ni nada.
Ahora, si no deseas sobrecargar tu servidor MySQL con tantos registros, también puedes usar archivos de texto para guardar cada visita. Un archivo por cada afiliado. Depende de lo que tu servidor te ofrezca
Un saludo,
