antes que nada bienvenido al foro
ahora para poder tomar el valor modificado de la variable session, requieres que se refresque la pantalla padre para que el script renueve el valor
aunque esto seria un inconveniente si tuvieras algun formulario con datos importantes
otra posibilidad es que al cerrar el popup, ejecutaras un ajax que te renovara el valor para tu script, esta seria una posibilidad mas optima..... pero....
sabes usar ajax??