Es raro, copiando tu codigo a mi si me funciona.
Nada mas dos observaciones:
1. Modificar estas lineas de comentarios, para que queden tal y como debe ser "<!-- " eso abre, " -->" eso cierra. Nota el espacio antes y despues de dos guiones "--" y no pegado como lo tienes:
Código:
<!----------------------------------------------------- FOOTER------------------------------------------------------------->
2. Estas utilizando dos veces el id "footer-in". Si lo necesitas usar mas de una vez, hazlo una clase.
Código:
<ul class="footer-in">
...
<div class="footer-in">
Pero bueno, sugeriria revisar si el codigo que ingresas via php abre y cierra correctamente las etiquetas que utilice, no sea que deje abierto algun <div> y te este dando conflicto luego.