Tienes que añadir la propiedad "wmode=transparent", el código te quedara asi:
Código HTML:
<object classid="clsid:d27cdb6e-ae6d-11cf-96b8-444553540000" codebase="http://fpdownload.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=8,0,0,0" width="450" height="400" id="video" align="middle">
<param name="allowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="wmode" value="transparent">
<param name="movie" value="ruta/video.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="bgcolor" value="#0000a0" />
<embed wmode="transparent" src="ruta/video.swf" quality="high" bgcolor="#0000a0" width="450" height="400" name="video" align="middle" allowScriptAccess="sameDomain" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" />
</object>
Con esto te permitira usar la propiedad z-index en css.
saludos