Tu problema es que no estas haciendo bien las referencias de tu query:
Código PHP:
$rst = mysql_query("SELECT * FROM enlaces WHERE link like '".$ref."'") or die( mysql_error() );
$rows = mysql_num_rows( $rst );
if($rows == 0) {
mysql_query("INSERT INTO enlaces (fecha, link, buscar, nombre, descripcion) values ('".$time."', '".$ref."', '".line($_GET['buscar'],4)."', '".$Nombre."', '".$_POST[descripcion]."')") or die(mysql_error());
} else{
mysql_query("UPDATE enlaces SET visitas=visitas+1 WHERE link='".$ref."' AND activo='1'" ) or die(mysql_error());
}
Saludos.