ahora rula bien el script con el if que puso Okram, pero sacando la conexion con la DB fuera del if, asi:
Código PHP:
$conexion = mysql_connect('localhost','user,'9999')or die ('Ha fallado la conexión: '.mysql_error());
mysql_select_db('registro')or die ('Error al seleccionar la Base de Datos: '.mysql_error());
if( strtolower( $_SERVER['REQUEST_METHOD'] ) == 'post' ) {
if($username==NULL) {
echo "un campo está vacio.";
}else{
$query = "SELECT * FROM usuarios WHERE usuario='$username";
$result = mysql_query($query , $conexion) or die ( mysql_error() );
$row = mysql_fetch_array($result);
Gracias por la ayuda.