prueba asi:
Código PHP:
$checkuser = mysql_query("SELECT usuario FROM usuarios WHERE usuario='$username'");
$username_exist = mysql_num_rows($checkuser);
$checkemail = mysql_query("SELECT email FROM usuarios WHERE email='$email'");
$email_exist = mysql_num_rows($checkemail);
if ($email_exist>0|$username_exist>0) {
echo "El nombre de usuario o la cuenta de correo estan ya en uso";