Habiamos pensado el cambio de hosting, pero esa no era una desicion ke pudieramos tomar nosotros, sino el cliente.
Al final lo logramos de esta manera: utilizamos Perl con CGI para el upload de archivos a una carpeta temporal (creada por nosotros) y posteriormente ftp_rename para mover los arvhivos a la carpeta que deseabamos.
Quiero agradecer a las personas que nos ayudaron con sus aportes
. Con esto cierro el tema, y ojala esto le sirva a alguna otra persona.
Saludos ^^